Prema dostupnim podacima pisana povijest današnjeg područja Krapinsko-zagorske županije započinje krajem 12. stoljeća. Temeljem arheoloških nalaza moguće je zaključiti da na području današnje Županije postojao organizirani život još tokom brončanog doba. Populacija brončanog doba naseljavala je, pred 3000 godina, kameniti brijeg na području današnje Krapine, čemu svjedoče mnoštvo pronađenih keramičkih ulomaka, kameni kalup za lijevanje, brončane sjekire te nastambe.  Na brdu Hušnjakovo pokraj Krapine pronađeni su ostatci špiljskog čovjeka koji je poznavao vatru i živio od lova. To je jedno od najvećih europskih nalazišta. Pronađeni dokazi od oko 1200 komada kamenog oruđa upućuju na to da je špiljski pračovjek pripadao poznatoj prethistorijskoj kulturi (Premousterien). Na brijegu Podoštinje, iznad Radoboja, u 1850. godini pronađeno je 11 prethistorijskih humaka. Na njima je pored ostalog nađeno crijepovlje, komadi željeza te više posuda i žara. U potoku u blizini Radoboja pronađena je i kamena sjekira.

Stvaranje tisućljetnoga Rimskog carstva, također nije mimoišlo ove krajeve. Dokaze o njihovu boravku nalazimo na nekoliko mjesta. U Mihaljekovu Jarku, s južne strane Krapine, pronađeni su 1895. godine žrtvenici boga Jupitera. Njih su dali podići Titus Accius Severus i Marcus Ulpius Placidinius, viši časnici iz doba cara Komada (180. – 192. godine). Na tome mjestu bila je vjerojatno oružnička postaja i raskrižje cesta od Bednje preko Radoboja i Lepoglave sa cestom na Krapinčici. Krak Rimske ceste od Ptuja prema Savi vjerojatno je prolazio tjesnacem kod Krapine. Ovdje se pronašlo nekoliko značajnih arheoloških nalaza koji govore o postojanju rimskog naselja s vojničkim i putnim servisom. Osim uz ceste, na tragove rimske kulture nalazimo i uz termalne izvore i rudnike.

Srednji vijek predstavlja novu fazu razvoja života i kulture na području Zagorja. Nicanje srednjovjekovnih burgova na padinama brda na sjevernom dijelu Županije u 13. i 14. stoljeću te njihova pregradnja, započeta u doba borbi s Turcima nije dovelo do jačega grupiranja naseobina. Stanovništvo je i dalje ostajalo u svojim, mahom drvenim kućama, a napuštalo ih je tek u krajnjim trenutcima opasnosti, najčešće u doba turskih navala, sklanjajući se i braneći istovremeno. Zbog čestih turskih prodora, nedostatka prometne veze, trgovina i specijaliziranih obrta nije bilo uvjeta za nastajanje većih naseobina odnosno gradskih središta. Ovisnost seljaka o feudalnim vlastelinstvima za koje su bili vezani, nije omogućavalo imigracije i povećanje pojedinih naselja. To su i osnovni razlozi što su se u kasnom srednjem vijeku samo dva mjesta počela oblikovati kao gradska središta - Krapina i Klanjec. 

Najznačajnije plemićke obitelji koje su živjele i djelovale na području Krapinsko – zagorske županije su:

  •          Obitelj Rattkay,
  •          Obitelj Erdody,
  •          Obitelj Keglević,
  •          Obitelj Oršić,
  •          Grofovi Konjski,
  •          Obitelj Sermage.

U doba najtežih turskih navala na Hrvatsku u krapinskoj je utvrdi održano pet Hrvatskih sabora (1598.,1599.,1600.,1605. i 1607. godine). Grad Krapina često je mijenjao svoje vlasnike. Najstariji vlasnici bili su ugarsko-hrvatski kraljevi, a pored njih gospodari su bili još kneževi Celjski, obitelji Keglević i Drašković, dok su posljednji gospodari grada bili obitelji Lichtenberg i Ottenfels. U srednjem vijeku Krapina je bila važno razvijeno trgovište. Godine 1347. kralj Ljudevit dodijelio joj je povlasticu slobodnoga kraljevskoga grada. U to vrijeme ona je bila središte Županije kojoj su pripadali svi zagorski posjedi i dvorci. U 15. stoljeću pripojena je Varaždinskoj županiji. Ostalih šest sadašnjih gradova u Županiji – Zabok, Zlatar, Pregrada, Oroslavje, Donja Stubica i Klanjec – u vrijeme srednjeg vijeka razvijali su se uglavnom, kao i većina naselja, oko sakralnih građevina. 

Početkom i u prvoj polovici 16. stoljeća mnoge europske zemlje bile su zahvaćene valom seljačkih ustanaka. Takvi ustanci dogodili su se i na području Zagorja nakon što je Hrvatski sabor proglasio kmetove izdajicama domovine nakon prestanka plaćanja nameta i poreza feudalcu Franji Tahiju. Za vođu bune izabran je Ambroz Gubec (kasnije nazvan Matija) iz Gornje Stubice. U noći s 27. na 28. siječnja 1573. godine buna je započela napadom na Cesargrad. Tijekom veljače 1573. godine srušen je ustanak slovenskih kmetova, a dan kasnije svladana je kmetska vojska kod Kerestinca, a zatim su svladani i drugi ustanci. Jedino su ostali neporaženi Gupčevi pobunjenici u Hrvatskom Zagorju kod Stubičkih Toplica, koje je 9. veljače 1573. godine napala plemićka vojska. Matija Gubec je nakon bitke zarobljen i odveden u Zagreb, gdje je pogubljen na Trgu svetog Marka 15. veljače 1573. godine na okrutan način.